علامه ملاعبدالله بهابادی یزدی از ویژگی‌های متعددی برخوردار بوده و در دوره‌ای که تولیت حرم حضرت امیرمؤمنان علیه السلام و حکمرانی نجف اشرف را برعهده داشتند، خدمات گوناگونی ارائه دادند. ایشان یکی از ایستگاه‌های بزرگ انتقال اندیشه‌ها و معارف عقلی و سرپل و ترمینال  انتقال میراث تمدنی  به دوره صفوی بودند، ازاین‌رو نقش ویژه‌ای در تاریخ تشیع دارند. توضیح اینکه به دلیل شرایط تاریخی عصر علامه ملاعبدالله و به دلیل میراثی که او منتقل کرده و به دلیل روش‌های که در تبیین و ترویج مکتب اهل‌بیت داشته و تحولی که در حکمرانی و جامعه شیعی ایجاد کرد و به لحاظ فردی و اجتماعی و به لحاظ علمی و معنوی علامه بهابادی یزدی ویژگی‌ها و امتیازاتی دارند که متاسفانه تا کنون به جامع علمی ارائه نشده است. برای احیای احساس هویت اسلامی و ایرانی در نسل جدید به معرفی امثال علامه بهابادی یزدی نیاز داریم. برخی ویژگی‌ها و خدمات ایشان را فهرست‌وار بازگو می‌کنیم:

1. بُعد تمدنی؛ یکی از ویژگی‌های علامه بُعد تمدنی ایشان است. ایشان توانست معارف الهی و اسلامی را با روش عقلی تبیین نماید و معارف دین را به بدنه جامعه بیاورد.
2. بی‌نظیربودن زبان نوشتاری؛ زبان نوشتاری علامه عربی بود که تا کنون بی‌نظیر است و متخصصان ادبیات عربی از آن تجلیل کردند، ازاین‌روست که متن تهذیب المنطق را کهنه نمی‌دادند. ادبیات و زبان عربی ایشان پس از چهار صد سال  ممتاز است.
3. فرهنگ‌سازی اجتماعی؛ یکی از کارهای مهم علامه فرهنگ‌سازی اجتماعی بود.
4. انتقال دانش از مدارس رسمی به سطح عمومی؛ در مدت زمانی که علامه تولیت حرم حضرت امیرمؤمنان علیه السلام و حکمرانی نجف اشرف را برعهده داشتند، تلاش کردند دانش از مدارس رسمی به سطح عمومی جامعه بیاید. با اینکه علامه در معقول یک استاد تمام اعتبار و دقیق بود و منقول (حدیث و فقه) خوانده بود؛ اما منبر و تدریس و حکمرانی عمومی کردند و این کار موجب شد دانش از مدارس به سطح عمومی منتقل گردد.
5. گسترش تشیع تمدنی و فقاهتی؛ با توجه به اینکه تشیع در عصر ملاعبدالله صوفیانه و عامیانه بود، ایشان تلاش کردند تشیع تصوفانه ریشه‌دار نشود و تشیع تمدنی و فقاهتی گسترش یافته ریشه‌دار گردد. تشیع عصر علامه تشیع عوامانه است و حاکمیت صوفی‌گری است. علامه نقش مهمی در کم رنگ کردن فرهنگ تصوفی داشت و تلاش او به تشیع فقاهتی و تشیع حکمی کمک شایانی کرد. فضای اصفهان بعدها به سود تصوف‌گریان بود و خیلی‌ها تقیه کردند. علامه قرن دهم شیعه را از تصوف جدا کرد و میان آنها خط گذاری کرد.  برخلاف تقیه علما بعد از علامه نسبت به صوفی‌گری، ایشان منحصر به فرد بود. علامه با تمرکز بر روش عقلی عملا در مقابل جریان تصوف قرار گرفت.
6. تأثیرگذار در پیشبرد مکتب شیعی؛ ایشان را می‌توان یکی از تاثیرگذارترین متفکران دوران صفویه دانست، که سهم مهمی در پیشبرد مکتب شیعی داشتند و در عصر خودش  بسیار تاثیرگذار، تحول‌خواه و ذی‌نفوذ بودند. بلکه علامه در عصر خودش نماند و در طول چند قرن یاد و اثرش با حوزه‌های علمیه همراه بود.  به‌طوری که حتی مخالفان حضور علما در دستگاه صفوی نمی‌توانند خدمات علمی و عملی اثرگذار علامه را نادیده بگیرند.
7. از حیث علمی و عملی در تراز حکومت شیعی؛ شخصیت‌های اسلامی و دینی یا از حیث بعد علمی و تخصصی قوی هستند، ولی معمولا تاثیرات فرهنگی و اجتماعی زیادی ندارند. برخی هم صرفا ابعاد اجتماعی داشته‌اند، ولی تاثیرگذاری اخلاقی و معنوی نداشته‌اند، اما علامه هم از حیث علمی و هم از حیث عملی در تراز حکومت شیعی بودند.
8. ارائه چهره‌ای عقلانی و منطبق با خرد از آموزه‌های دینی؛ همه آثار علامه در یک نکته با هم مشترکند و آن اینکه در همه این آثار تلاش شده چهره‌ای عقلانی و منطبق با خرد از مقولات و احکام دینی ارائه شود.
9. برقراری رابطه میان عقل و دین؛ علامه بهابادی در عصر صفویه این ضرورت را احساس می‌کردند که باید به نوعی به تبیین رابطه بین عقل و دین بپردازد. یکی از مباحث مهمی که علامه بهابادی آن را مورد توجه قرار می‌دهد رابطه بین عقل و دین است. هنگامی که آثار متفکران فیلسوفان را نگاه می‌کنیم معمولاً این موضوع در اندیشه آنها مورد توجه قرار گرفته است از جمله فارابی، ابن سینا، خواجه نصیر و ملاعبدالله. به هر حال این مسئله موضوعی بوده که همواره دینداران را به تکاپو وامی‌داشته و همواره تقابلی بین فلسفه و فقه ایجاد می‌شده است. در تاریخ اندیشه و فکر اسلامی افرادی را داریم که فلسفه را کوبیدند و خواستند جایگاه فقه را بالا ببرند، منتهی عموم فیلسوفان مسلمان و از جمله علامه نگاهی که به این موضوع داشتند مبتنی بر یک نگاه چندوجهی، چند ضلعی و منظومه‌ای بوده است. به هر حال نباید تک بعدی به انسان نگاه کرد. جامعه همیشه نیاز به توجیه عقلانی دین دارد یعنی دینداری ما اگر مبتنی بر نگاه عقلانی باشد استوارتر باشد، بیشتر امتداد اجتماعی سیاسی پیدا می‌کند و بیشتر ما را در فضای زندگی اجتماعی قرار می‌دهد. ملاعبدالله یک فرد نیست، یک جریان و جنبش علمی اجتماعی است. متفکران هم تک بعدی به انسان نگاه نمی‌کردند. اگر شخصیت ایشان در حوزه های علمیه امتداد تاریخی پیدا می‌کرد، شاهد نوع دیگری از پاسخگویی به مسائل و مقتضیات عصر حاضر بودیم.
10. انتقال میراث علمی مدرسه شیراز به نجف؛ حکیم  بهابادی  میراث  علمی مدرسه شیراز را با کمک مقدس اردبیلی  به نجف اشرف منتقل کرد.
11. بسط نگاه فلسفی به سمت امتداد اجتماعی و سیاسی؛ نگاه فلسفی علامه به‌شدت به‌سمت امتداد اجتماعی و سیاسی بسط پیدا کرد و کار علامه یک فرهنگ‌سازی اجتماعی بود.
12. داشتن آثار تخصصی الهیاتی؛ علامه آثار تخصصی بسیاری دارد که جز مباحث دقیق الهیاتی می‌باشد. لذا بسیاری از علما ریزخوار و مدیون علامه هستند.
13. مظلومیت؛ علامه با داشتن این همه سوابق علمی و عملی و به‌رغم داشتن مقام رسمی در ایران و عراق بسیار ناشناخته و مظلوم است. به‌نظر می‌رسد علامه و بیت ملالی در عراق قربانی یک تسویه حساب سیاسی و یک حرکت  افراطی شدند. بنابراین، وظیفه  مبلغین، نویسندگان، شعرا، حوزه و دانشگاه و فرهنگیان در استان یزد آن است که برای اینکه علامه اندکی از این مظلومیت خارج شود تلاش کنند. نیز برای کم شدن مظلومیت علامه باید نام او در یونسکو ثبت شود و کتاب وی معرفی گردد.
14. اصوگرا؛ با توجه به وجود دو قشر اصولگرا و اخبارگری در زمان صفویه، اصولی‌گری علامه عیان بود و در مرز اصولی‌گری و اخباری نبود و کاملا اصولگرا بود و یک خطی را در مقابل اخباریگری بازکرد.
15. اخلاقی بودن؛ علامه عالمی اجتماعی، خدا ترس، زاهد و پاک‌دست بود. عالمی عارف، زاهد، خادم اهل بیت، و خدمتگزار مردم بود.