حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در دیدار جمعی از مدیران، اساتید و طلاب جامعةالزهرا تاکید کردند: تحول در حوزه علمیه و به‌روز شدن آن برای پاسخ‌گویی به مسائل جدید جامعه لازم است.
رهبر انقلاب، لازمه حرکت به سمت تمدن اسلامی را گسترش معارف اصیل دینی در میان عموم مردم خواندند.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای تحول را امری طبیعی و قهری در عالَم خواندند و گفتند: چنانچه زمام تحول به دست افراد عاقل و متدیّن باشد جامعه و بشریت اعتلاء پیدا می‌کند اما بدون آن، تحول رو به گمراهی و انحطاط می‌رود همچنانکه امروز در جوامع غربی، منکرات عقلی به معروف تبدیل شده است.
ایشان حوزه‌های علمیه را نیز همچون سایر مجموعه‌ها نیازمند تحول دانستند و افزودند: حوزه علمیه برای مردم و تبلیغ و پیش‌بُرد دین و ایجاد حاکمیت دینی است که با توجه به در حال تحول بودن جامعه، حوزه علمیه هم باید برای انجام صحیح وظایف خود روزآمد شود.
تمجید رهبر معظم انقلاب از علامه ملاعبدالله بهابادی یزدی به عنوان نمونه ای از عالمای شیعی که در عصر صفویه وارد عرصه سیاسی، اجتماعی شد و به تمدن سازی دولت شیعی کمک کرد " این عالم دینی برخلاف آن چه که امروز ممکن است بعضی گوشه کنار تصور کنند در متن فعالیت‌های سیاسی قرار گرفت و قرار داشت.
ایشان معاصر شاه طهماسب بود. شاه رفت عراق-نجف- زیارت کرد اوضاع نجف را نابسامان دید،ملاعبدالله را گذاشت متولی آستان مقدس حضرت امیرالمومنین (علیه الصلوه والسلام). وآنوقت وضع آن جور بود که آن کسی که رئیس و خزانه دار آستان امیرالمومنین بود رئیس نجف هم بود. ملاعبدالله صاحب حاشیه حاکم نجف- شاید این را اکثرا ندانید- و جالب این است که حکومت در خانواده ملاعبدالله سال های متمادی ماند. تا زمان جعفر کاشف الغطاء وبعد از ایشان خاندان ملالی (ملاها)حکومت می کردند.
بیانات رهبرمعظم انقلاب نشان‌دهنده ارتباط دین با امور حکومتی و اجتماعی است که در تاریخ اسلام سابقه دارد.
این نگاه تاریخی و تحلیلی به فعالیت‌های علما، به ویژه در دوران صفویه و تأثیر ماندگار آنها، می‌تواند به فهم بهتر وظایف کنونی حوزه‌های علمیه و علما کمک کند و نشان‌دهنده این است که پیوند استوار میان علم و سیاست در تاریخ اسلامی وجود داشته است.
