عدم تبیین پروژه فکری مشخص اندیشمندان جهان تشیع، نقطه ضعف مراکز حوزوی است. این که پروژه فکری هر اندیشوری برای نسل معاصر مشخص باشد، یک حُسن و فضیلت و توفیق خواهد بود.
تجربه نشان داده است که اگر پروژه فکری اندیشور یا کُنشگری روشن باشد و آن پروژه فکری استمرار داشته باشد، اثرگذاری و ماندگاری بیشتری خواهد داشت.
کلان پروژه علامه بهابادی
به نظر می رسد «احیای حکومت شیعی» در دوره صفویه است. در آن دوره برای نشان دادن این که دین اسلام و تشیع برای همه دوران ها و از جمله قرن دهم هجری حرفی برای گفتن دارد، می بایست اسلام به صورت جامع، متبلور و محقق می گشت و تحقق جامع دین، جز با تشکیل حکومت اسلامی امکان پذیر نبود و این وظیفه ای خطیر بر دوش عالمان آن زمان از جمله محقق کرکی، علامه بهابادی و شیخ بهایی بوده است.
علامه بهابادی یزدی پس از قبول تولیت حرم امام علی (علیه السلام) و حکمرانی بر نجف اشرف، سبک جدیدی از حکمرانی اسلامی و بلکه حکمرانی دینی ارائه داد که برای تمام پیروان ادیان، قابل الگوبرداری است. مورخان تاریخ نجف از تأمین حقوق اقلیت های مذهبی در دوران علامه سخن ها گفته اند و حکمرانی حکیمانه و عادلانه علامه باعث شد تا پس از قدرت گیری دولت عثمانی سلاطین عثمانی نیز حکمرانی ایشان را تنفیذ نمایند.
روش و رویکرد علمی علامه بهابادی، تبیین عقلانی از دین اسلام و ارائه «اسلام عقلانی» است. با اینکه علامه بهابادی یک فیلسوف، فقیه و مفسر برجسته ای می باشد؛ اما بُعد متکلم بودن او و دفاع کلامی او از دین، خیلی بارزتر است. ناگفته نماند که شرایط تاریخی هم بر تعیین پروژه فکری شخصیت ها مؤثر است و امثال علامه بهابادی و محقق کرکی، شیخ بهایی و برخی دیگر از همدوره ای های ایشان، در دوره ای زندگی می کردند که اساس مکتب تشیع و باورهای دینی به صورت جدی از سوی دولت عثمانی و همچنین ازبک ها (در شرق کشور) زیر سؤال رفته بود یا می رفت، لذا ایشان درصدد تبیین عقلانی از دین است و همه آثار و نوشته ها و گفتارهای او را باید در این روش شناسی تعریف و تبیین کرد.
می توان گفت همه نوشته ها و حاشیه نویسی های علامه بهابادی متناسب با نیاز زمان و پاسخگوی سؤالات «زمان» و «زمانه» است و «زمان شناسی» و «نیازسنجی مخاطبان» از ویژگی های علامه بهابادی است، لذا به این سبب، آثار و گفتارهای او متنوع و بسیار گسترده است و کمتر شخصیت حوزوی سراغ داریم که مانند ایشان در ابعاد مختلف علوم اسلامی اظهارنظر داشته باشد.
یک نکته ای که درباره علامه بهابادی باید تأکید کرد «مسأله شناسی» اوست. علامه بهابادی به علت حضور در حوزه علمیه نجف و ارتباطات گسترده با اساتید مختلف حوزوی و رصد دقیق فضاها و چالش های فکری و علمی روزگار خویش برخی مسائل و چالش ها را از اهل سنت و معاندین مکتب تشیع أخذ می کرد و به آن مسائل، پاسخ های اسلامی عمیق و دقیق و یا حداقل، تبینی اسلامی ارائه می داد.
در منظومه فکری علامه بهابادی، نقش و عقلانیت اسلامی یا عقلانیت قرآنی و عقلانیت فلسفی پُررنگ است و کمتر وارد چالش جدّی و بنیادی با مفاهیم دنیای مدرن می شود.
این فقیه منطقی وکلامی به معرفی عقلانی شیعه در نجف اشرف پرداخت و از اندیشه سیاسی شیعه و فقه شیعه دفاع می کرد. او خود را مبلغ اسلام و مکتب اهل بیت(ع) می دانست.
در اواخر عمر پربرکت علامه بهابادی، بیشتر فعالیت های ایشان در حوزه جهان اسلام تعریف می شود و ارتباط با پیروان سایر ادیان اگر چه در فعالیت های ایشان دیده می شود، ولی آنقدر پررنگ و برجسته نشده است.
