پژوهشگران دبیرخانه کنگره بین­المللی ملاعبدالله بهابادی یزدی در راستای جستجو و احیای آثار ایشان به خلاصه تفسیر سوره فاتحه و توحید ایشان که مشهور است به نام " دره المعانی فی تفسیر السوره و الفاتحه" دست پیدا کردند. این تفسیر در کتاب "رسائل فی تفسیر سوره الفاتحه، جلد اول  که توسط مرکز احیای آثار اسلامی، پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی تحقیق و به چاپ رسیده است، لیکن محقق این تفسیر، این تفسیر را منسوب به عبدالله شاه آبادی دانسته است. بعد از بررسی کمیته علمی، پژوهشگران دبیرخانه به این نتیجه رسیدند که این تفسیر [دره المعانی] رساله ای است در علم تفسیر که خلاصه التجاره الرابحه ملاعبدالله یزدی می­باشد. این اثر تنها اثر تفسیری مرحوم یزدی به حساب می آید که چاپ شده است و می توان از آن اطلاعات بسیاری دریافت نمود و مشرب های مختلف تفسیری صرفی نحوی لغوی بلاغی عرفانی فلسفی فقهی و.. مرحوم یزدی را تا اندازه ای کشف نمود. نام کامل اثر دره المعانی فی تفسیر سوره الاخلاص و السبع المثانی است.

دلائل محققان :

اولا: در قرن دهم هجری غیر از مرحوم ملاعبدالله بهابادی (که در برخی منابع به غلط از ایشان به نام شهابادی نام برده­اند) طبق کتاب طبقات الاعلام شیخ آقا بزرگ، شخص دیگری به این نام وجود ندارد؛

ثانیا: براساس کتاب الذریعه آقا بزرگ تهرانی غیر از علامه ملاعبدالله بهابادی فرد دیگری تالیفی به نام "التجاره الرابحه فی تفسیر السوره و الفاتحه" ندارد، لذا تفسیر چاپ شده فعلی خلاصه همان التجاره الرابحه است؛

ثالثا: این اثر نمی­تواند از ملاعبدالله شوشتری باشد؛ زیرا محتوای متن و سیاق آن ناظر به تاویل­پذیری است، این روش با مبنای اخباری­ها که مرحوم شوشتری یکی از آنها می­باشد سازگاری ندارد، چرا که ایشان ظواهر قرآن را حجت ندانسته و علم آن را به اهل بیت عصمت و طهارت علیهم­السلام واگذار می­کنند؛

رابعاً: محقق این کتاب زمان تالیف این اثر را 992 ه.ق ذکر کرده که علی­الظاهر با سال وفات ملاعبدالله که متوفی 981 ه.ق می­باشد، سازگاری ندارد. لیکن باید گفت که این به سبب اشتباه گرفتن لفظ تسعین (90) با سبعین (70) می­باشد. در حقیقت سال تالیف این اثر اثنین و سبعین و تسعماء (972) یعنی نه سال قبل از وفات ملاعبداله یزدی بوده است.