رساله «التشکیک» از جناب ملاعبدالله بهابادی (درگذشته 981) درواقع تعلیقاتی است بر شرح و حواشی تجرید که در این راستا بحث­هایی دربارۀ دیدگاه­های علامه دوانی (درگذشته 908) و جنابان سیدصدرالدین دشتکی (سیدالحکماء) (مقتول 903) و فرزند او علامه غیاث­الدین دشتکی (سید سند متوفی 940 یا 949) که استاد علامه بهابادی نیز بوده ارائه کرده است که در قالب نقد و بررسی دیدگاه­های طرفین و یا نظرات گوناگون می­باشد.

از رساله «التشکیک» دو نسخه خطی در دسترس ما هست که اولی بنا بر آنچه که از متن پایانی ناسخ پیداست به دستور شخص ملاعبدالله بهابادی در تاریخ 22 ربیع­الثانی/ 1408 روز سه­شنبه توسط ابوالمحجی (ابوالمحیی) الکوبانی در قصبه کوبان به نگارش درآمده است که نسخه «میم» محسوب می­شود و نسخه­ای دیگر که توسط محمدصالح کوکدی در سال 1053 به ماه ربیع­الاول نگاشته شده است که موسوم به نسخه «الف» می­باشد.

هر دو نسخه اشکالات فنی بسیاری دارند نسخه «الف» به رسم­الخط عربی است اما علی­الظاهر ناسخ به متون فلسفه و منطق آشنایی چندانی نداشته و نسخه بسیار افتادگی دارد و عبارات گاهی ناهمگون می­باشند.

درنسخه «میم» به نظر می­رسد ناسخ چندان به زبان عربی و ادبیات عرب تسلطی نداشته اما نسبتاً کامل است و چندین صفحه نسبت به نسخه «الف» اضافه­تر دارد که لازمه محتوای تشکیک می­باشد.

تاکنون هر دو نسخه خوانده شده است به این صورت که:

اول نسخه «میم» خوانده شده

دوم نسخه «الف» خوانده شده

سوم نسخه الف و میم با هم مقابله شده

چهارم نسخه تایپ شده هم با الف و هم با میم مقابله شده

در این فرایند دو نسخه تلفیق شده و عبارات افتاده از نسخه میم به الف الحاق شده و در حال تطبیق متن و تقویم نص می­باشد. شایان ذکر است که جناب علامه حاشیه­ای بر نشر تجرید داشته که حاشیه «قدیم» محسوب می­شود و سید صدرالدین به آن جواب داده پس از آن استاد دوانی در جواب حاشیه­ای دیگر دارد که موسوم به حاشیه قدیم می­باشد و این نیز توسط سیدصدرالدین مورد نقد قرار گرفته آن جناب حاشیه­ای دیگر دارد که «اجد» نام دارد و این سه حاشیه تحت عنوان «طبقات جلالیه» می­باشند و در جواب صدرالدین «طبقات صدریه» می­باشد پس از آن­که صدرالدین دشتکی از دنیا رفت فرزند بزرگوارش غیاث­الدین محمود دشتکی در جواب «اجد» نیز حاشیه­ای نوشته است. بر این اساس  علامه بهابادی همه این حاشیه­ها را مورد توجه قرار داده و تحت عنوان «قوله» مطالبی را از طبقات جلالیه آورده و ذیل آن به شرح و طرح سؤال و جواب پرداخته است.

با توجه به این نسخه خطی، طبقات جلالیه نیز در دستور کار قرار گرفت و هم­اکنون با این نسخه نیز مقابله و تطبیق می­شود در همین فرایند بخشی از تخریجات نیز انجام شده و اقولی که از جناب شیخ­الرئیس آورده شده به صورت مضمون بوده مورد بررسی قرار گرفته و تقویم نص شده است.

در عین حال همه متون از صفات جلالیه و نسخ موجود از تشکیک، پس از تطبیق ، مراجعه ادبی به لحاظ ادبیات عرب با توجه به آنچه گفته شد صورت می پذیرد و آنگاه مراجعه علمی و تطبیق مطالب فلسفی و منطقی و با اصول فلسفه و منطق انجام می­گیرد.

با توجه به عدم دسترسی به کتاب «طبقات صدریه» لازم است که متن و جواب­هایی که تحت عنوان «سید سند» آورده شده از کتاب­­های دیگر فلسفی تخریج شود که کار را دشوار کرده است.

با این وجود تاکنون به لطف خدا تقریبا پنجاه درصد از کار در حوزه­های نسخه­خوانی، تطبیق، مقابله، تقویم، تخریج، بررسی ادبی، بررسی علمی صورت گرفته است.