علامه بهابادی یزدی ورودی اجتهادی به حوزه‌های مختلف دانش داشت و فرهنگ «اجتهاد عقل گرا» را ترویج می‌کرد. او بر اساس نیازهای روز جامعه دست به پژوهش و تالیف می‌زد.
حسن عبدی‌پور، عضو هیئت علمی پژوهشکده فرهنگ و معارف قرآن کریم پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی و دبیر علمی کنگره علامه ملا عبدالله بهابادی یزدی در یادداشتی که برای انتشار در اختیار مهر قرار گرفته، به وجوه علمی و آثار این دانشمند برجسته جهان تشیع پرداخته است.
احیای تراث اندیشمندان جهان تشیع به معنای انتقال روش شناسی‌ها، نوآوری‌ها و سبک‌های پژوهشی آنهاست. در طول تاریخ یکی از اهداف مهم اندیشمندان شیعی ایرانی، بیان معارف حقیقی شیعه به زبانی که مخاطب آن را درک می‌کرد بوده است. آنها تلاش می‌کردند با ادبیات تمدنی با نخبگان سخن بگویند و یکی از راهکارها، نگارش و تدریس به زبان عربی با بیانی منطقی و استلالی بوده است.
بزرگان جهان تشیع که شاگردان مکتب امام صادق به شمار می‌آیند همواره تلاش کرده‌اند که علوم اسلامی را با قرائت مکتب اهل بیت توسعه و تبیین کنند. بررسی و احیای آثار اندیشمندان شیعی و سبک‌های پژوهشی و آموزشی آنها کمک می‌کند که یک مدرس دینی در تعامل و ارتباط با ایصال و رساندن مفاهیم و آموزه های دینی به مخاطب چه روش‌ها و شیوه‌هایی را باید رعایت کند.
اگر چه حوزه و دانشگاه دو بال علمی کشورهستند اما آموزش مهارت‌های پژوهشی و شیوه‌های تحقیقات حوزوی بسیار متفاوت با نظام دانشگاهی است. وحدت حوزه و دانشگاه به معنای یکی شدن این دو نهاد علمی نیست هرکدام از این دو سازمان علمی اهداف و روش‌های منحصر به فرد خود را دارند و خروجی‌های علمی و آموزشی آنها با هم متفاوت است.
امروزه شاهدیم که برخی از مراکز علمی حوزوی مانند یک دانشکده و پژوهشگاه دانشگاهی عمل می‌کنند از فرایند جذب گرفته تا شیوه پژوهشی، نظارت‌های علمی و حرکت در چهارچوب ساختارهای اداری و شیونامه‌های خاص، این در حالی است که در طول تاریخ هزار ساله حوزه‌های علمیه، هویت علمی حوزه کاملا مستقل بوده و سنت حوزوی این بود که محقق و پژوهشگر حوزه با جامعه و بدنه اجتماعی ارتباط مستمر داشته و با مواجهه مستقیم با مخاطب نظام مسایل جامعه را بدست می آوردند و تلاش کنند با نگاهی واقع گرایانه به نیازهای انسان عصر خویش پاسخ دهد. این روش موجب شده بود که مراکز علمی حوزوی یک قدم جلوتر از مطالبات جامعه حرکت کنند.
حکومت اسلامی ایران پس از انقلاب، حمایت‌های بی سابقه‌ای را از مراکز دانشگاهی و حوزوی به عمل آورد وعلی رغم تولیدات زیاد و شایسته تقدیر این دو نهاد بدلیل عدم مساله محوری و کاربردی بودن این آثار با واقعیت‌های میدانی، این دو نهاد نتوانسته‌اند همگام با حوزه نیازها و تحولات دانشی حرکت کنند.
واقیعت این است که علوم انسانی اسلامی- بازخوانی و باز تولید نمی‌شود مگر این که این دو نهاد روش‌های پژوهشی خود را اصلاح کنند. یکی از راهکارهای به‌روز شدن و کارآمدن شدن کسب تجارب و سبک مواجهه اندیشمندان گذشته با مسایل جامعه است.
حافظه تاریخ می‌گوید: پژوهش همزاد تحصیل و تدریس در حوزه‌های علمیه بوده و فقها، مفسران، متکلمان و فیلسوفان بزرگ در طول تاریخ اسلام به پژوهش اهمیت دادند و تراث گرانبهای جهان تشیع یادگار این فرزانگان است. رهبر انقلاب می‌فرمایند: «باید در حوزه علمیه قم و دیگر حوزه‌ها، به تحقیق و پژوهش در علوم گوناگون اسلامی به ویژه فقه، اصول و رجال میدان داده شود و طلاب و فضلا به مسائل جدید و مورد ابتلای جامعه بپردازند و سنت اجازه اجتهاد توسط بزرگان حوزه به طلاب مجددا احیا شود.»
اجتهاد نوآورانه –تولید دانش از طریق نقد آراء و حاشیه بر نظرات و ایدها، موجب شکوفایی دانش وتوسعه کیفی آن می‌شود. مقام معظم رهبری به طلاب و دانش پژوهان این چنین توصیه می‌کنند: داشتن روحیه کنجکاوی، تفکر، پرسشگری و حق جویی، خلاقیت، نقد به‌جا، کنشگری مناسب و متناسب با شرایط و با رعایت آداب، بزرگترین عامل برای حرکت در مسیر صحیح و رسالت طلبگی است.
از این روی فاصله گیری از روش‌های نظام علمی هزار ساله حوزه‌های علمیه تشیع به هویت حوزه آسیب وارد می‌کنند. تجربه‌نوردی و تجربه نگاری یکی از وظایف طلاب است و این مهم با مطالعه زندگی متفکران عالم تشیع بدست می‌آید.
یکی از این ستارگان عالم تشیع ملا نجم الدین عبدالله بن شهاب الدین حسین بهابادی یزدی در اوایل قرن دهم هجری در بهاباد از توابع یزد پا به عرصه وجود گذاشت. ملاعبدالله بعد از رشد و شکوفایی و تحصیلات مقدماتی، پس از چندی اقامت در زادگاه خود، برای فرا گرفتن علوم دینی به شهرهای شیراز و اصفهان مسافرت کرد.
ملاعبدالله در شیراز به مدرسه صدریه منصوریه رفت و نزد عالم وارسته امیر غیاث الدین منصور شیرازی تولیت مدرسه منصوریه، مشغول به کسب معارف دینی شد و در اصفهان نیز از محضر بزرگانی چون جمال‌الدین محمود شیرازی از مشاهیر فضل و سرآمد شاگردان علامه دوانی، علوم عقلی را تلمذ کرد.
علامه ملا عبدالله بهابادی یزدی در عین حالی که به فراگیری علوم اشتغال داشت، به تدریس نیز مشغول بود و شاگردانی را تربیت کرد. آخوند بهابادی مدتی را نیز در جوار مرقد مطهر امیرالمؤمنین (ع) در نجف اشرف به بحث و تدریس مشغول بود. از ثمرات این اقامت، حاشیه معروف وی بر کتاب «تهذیب المنطق» سعدالدین تفتازانی است. درمورد جایگاه علمی این عالم وارسته می‌توان به حضور بزرگانی همچون شیخ بهایی در کرسی درس او و تأثیرپذیری حکیم متأله، ملاصدرای شیرازی از اندیشه‌های فلسفی و منطقی ملا عبدالله بهابادی اشاره کرد.
آخوند ملاعبدالله در شهر اصفهان با مقدس اردبیلی هم درس بوده است و هر دو نزد جمال الدین محمود (از شاگردان علامه دوانی) به فراگیری علم مشغول بوده‌اند. سرنوشت این دو همدرس و همکلاسی، چنین بود که مقدس اردبیلی به راه فقه و زهد رفت و آخوند ملاعبدالله به راه ادب گام برداشت، به طوری که ملاعبدالله از دانشمندان و مدرسان ادب و علوم کلاسیک سده دهم هجری گشت و حاشیه‌هایی که این دو تن بر کتاب‌های کلاسیک روزگار خویش نگاشته‌اند، سال‌ها در شمار کتاب‌های درسی حوزه قرار داشته و دارد. علامه در حوزه فقه، کلام، تفسیر و فلسفه و منطق دارای دهها اثر است.
ویژگی‌های علامه بهابادی یزدی و حوزه‌های علمیه عصر ایشان
درسنامه نویسی
تکمیل زنجیره دانش با تقریرنویسی و حاشیه نویسی
کاربردی کردن علوم و ترویح آن در جامعه
کلان نگری و داشتن منظومه فکری
مشارکت در تاسیس مکتب اصفهان با ایحاد تحول در مکتب کلام جدلی شیراز به کلام استلالی اصفهان
ورود اجتهادی به حوزه‌های مختلف دانش
شناخت فرهنگ و زبان جامع هدف حرکت بر اساس مقتضیات زمان
رصدگری دامنه دانش و نیازهای علمی جامعه
حضور میدانی در عرصه تولید و ترویج دانش
چابک سازی ساختارهای پژوهشی
ترویج فرهنگ «اجتهاد عقل گرا»
جامعیت در علوم معقول ومنقول
اخلاق مداری در پژوهش و تدریس
وجود فرهنگ نقد اندیشه
شاگرد پروری
