ملا عبدالله الیزدی - سال 981 هجری قمری - 1573 م
در سال 981 هجری قمری عالم، محقق، منطق دان معروف، متولی حرم امیرالمومنین مولا عبدالله بن شهاب الدین حسین یزدی بهابادی درگذشت و در رواق حرم در زیرزمین به خاک سپرده شد که عضدالدوله دیلمی در آن دفن شده بود[1] واقع بین آستانه ی در اول وآستانه اذن دخول در دوم از جهت شرق قرار دارد.
فقاهت او در نجف حکایت هايی دارد. در اثر اخلاق نیکو و حسن مدیریت و سیر و سلوک و مقام والای خود خزانه دار حرم امیرالمومنین علیه السلام شد. شیخ ما محمّد حرز الدین آن را این گونه توصیف کرد و فرمود:
معروف است که شاه طهماسب صفوی او را برای تصدی حرم از ایران به عراق آورد و کلید حرم و خزانه اشیاء باستانی گرانبها و خزانه بزرگ حاوی سلاح های وقفی را به او تحویل داد. که برای دفاع از حرم تدارک شده بودند٬ و به طور کلی نجف اشرف از غزوات بادیه نشینان در خطر بود. و شاه طهماسب برای او مدرسه ای در نجف در ضلع شمال غربی آن واقع در محل المشراق در اطراف خانه هاي حضرات آل كمّونة بنا کرد٬ و امروز یعنی سال 1295 هجری قمری أثري از مدرسه نمانده است. و از هند پرندگانی برای او آورد که در نجف به مرغان حرم٬ و گاه به پرندگان تورانی معروفند.
هنگامی که سلطان مراد عثمانی به نجف آمد و به زیارت مرقد امیرالمؤمنین علیه السلام مشرّف شد، ملا عبد الله را به خاطر حسن مدیریت و رفتار و خدمات اجرایی بر منصب تولیت حرم علوي ابقا كرد. توليت حرم علوی تا زمان ملا یوسف متوفی در سال 1270 هجری قمری در نجف در دست فرزندان و نوادگانش باقی ماند.
از جمله آثار به جا مانده از ملا عبد الله بهابادي: حاشیة الخطایی و حاشیة المنطق از علامه تفتازانی، که امروزه مشهور به حاشیة ملاعبدالله، حاشیة الخطایی دارد که در پایان ماه ذی قعده در مشهد مقدس به پایان رساند و حواشی بر شرح شمسیه و شرح القوائد فقهی وحاشیه های متعدد دیگر از ایشان نقل قول شده است.[2]
سال 984 هجری قمری - 1576 م، نجف اشرف
در این سال شاه طهماسب صفوی از دنیا رفت و پس از ارتحال ایشان آثار ویرانی و غفلت در شهر نجف نمایان شد. شاه از اين شهر مراقبت بسياري می کرد و نجف در زمان او به اوج عمران و آبادي رسید٬ وي شش تا هفت هزار خانه در اين شهر ساخته بود.
سال 992 هجری قمری - 1584 م [3]
در ماه صفر این سال ، شیخ احمد بن محمد اردبیلی معروف به مقدس اردبیلی در نجف اشرف رحلت کرد و در حجره مجاور مناره جنوبی در باب خزانة النفائس الكبيرة به خاک سپرده شد.[4]
[1] محققین شیخ محمد حرز الدین می گویند: آنچه به آن رسیدیم و نیز معلوم است این است که مقبره عضدالدوله در انتهای راهرو زیر دروازه دوم در کنار مرقد مطهر امیرالمؤمنین علیه السلام است. و راهرو از اولین دروازه شرقی تا آستانه دو دروازه امتداد دارد حضرت در دو طرف آن هشتی - در زیر کف طاقنمای شرقی، سمت راست ورودی و سمت چپ آن از اولین در شرقی - شانزده دهلیز وجود دارد که بر خط قبله هشت در هشت امتداد دارند
[2] تاريخ النجف الأشرف المؤلف : عبد الزراق حرز الدين٬ الجزء : 2 صفحة : 274و معارف الرجال: 2/4.
[3] مباحث عراقية: 1/93. موسوعة العتبات المقدّسة (قسم النجف) : 1/202.
[4] تاريخ النجف الأشرف المؤلف : عبد الزراق حرز الدين٬ الجزء : 2 صفحة : 276 و معارف الرجال: 1/53.