پس از رحلت غیاث الدین منصور دشتکی فرزند بزرگ و وارث منصب علمی و کرسی درس صدرالدین محمد دشتکی (سیدسند)، به علل گوناگونی حوزه فلسفی شیراز از جوانب مختلف مورد فشار و بی مهری قرار گرفت و فضلا و دانشمندان شیراز مجبور به جلای وطن شدند. از جمله این علل می‌توان به موارد ذیل اشاره کرد:
- تحولات سیاسی- اجتماعی؛
- قویتر شدن حکومت مرکزی صفویه؛
- شروع اختلافات بین غیاثالدین منصور و دستگاه صفوی؛
- ستیز برخی از کوتهنظران درباری نسبت به حکمت و فلسفه.
با وجود تمامی این علل مکتب فلسفی شیراز با این هجرت ها نه تنها از بین نرفت، بلکه در نقاط و سرزمین های دیگر گسترش یافت. شاگردان با واسطه و بیواسطه غیاث الدین منصور، همچون ملاعبدالله بهابادی صاحب حاشیه و دیگران مکتب شیراز را که وارث حکمتِ اسلامیِ مشاء و اشراق بود در تمام مراکز علمی آن روز گسترش دادند.
پس از استقرار حکومت صفوی، شاهان صفوی برای تعلیم اصول و فروع مذهب امامی اثنی عشری و برای تقویت وجهه مذهبی حکومت خود ناچار بودند دست یاری به سوی علماء بزرگ دراز کند. برای اجرایی شدن این ایده، حکومت قصد داشت تا ابتدا از علماء بزرگ و صاحب نظر که در دسترس بودند، استفاده کند. به طور طبیعی به دلیل جایگاه رفیعی که غیاث الدین منصور دشتکی در شیراز داشت، انتظار میرفت که حکومت صفوی برای عملیاتی شدن این ایده دست یاری به سمت ایشان داز کنند، اما بعدها بنا به دلایلی حکومت صلاح را در این دید که این مساله را متوجه خارج مرزهای ایران به خصوص منطقه جبل عامل نماید به همین منظور از محقق کرکی درخواست یاری کردند و محقق بنا به دلایلی درخواست آنان را استجابت کرد. بدین ترتیب با قدرت ظاهری که شاهان صفوی به محق کرکی دادند و با توجه به این که ایشان اصالتا اهل ایران نبود، لذا با وضعیت سیاسی اجتماعی ایران چندان آشنایی نداشت. در چنین شرایطی طبیعی بود که فرصت طلبان و نان به نرخ روز خوران دور ایشان را به عنوان مشاور گرفتند و با استفاده از قدرت قزلباش‌ها دست به اقداماتی کردند که محقق کرکی از آن اطلاعی نداشت و بعد از اطلاع پیدا کردن از این رویدادها اظهار تاسف کرد. از جمله این اقدامات برخوردهای ناشایست با برخی از بزرگان علوم معقول بود که در سر سلسله آنها غیاث الدین منصور دشتکی قرار داشت. البته در ابتدای ورود محقق کرکی به ایران روابط بسیار خوبی بین ایشان و غیاث الدین منصور دشتکی برقرار بود منتهی بعدها که نزاع بین علوم معقول و منقول پیش آمد این روابط تحت تاثیر برخی مسائل دیگر قرار گرفت که در نتیجه این اختلاف ها غیاث الدین از منصب صدارت استعفاء داده و به شیراز برگشت و تا آخر عمر خود به کار تالیف و تدریس پرداخت.
ملاعبدالله بهابادی صاحب حاشیه برخلاف استادِ استاد خود غیاث الدین منصور دشتکی توانست، راه تعامل با حکومت صفوی را برگزید. این انتخاب صحیح توسط ایشان و هم دوره های وی موجب گشت مکتب شیراز از انزوا و نابودی بیرون آمده و در حوزه علمیه نجف تاثیرات شگرفی بگذارد.
ملاعبدالله بعد از هجرت به نجف علاوه بر تدریس علوم معقول منصب خزانه داری حرم حضرت امیرالمومنین علی علیه‌السلام را برعهده گرفت. بعدها از دهه چهارم قرن یازدهم حوزه علمیه نجف همانند دیگر حوزه‌های شیعه درگیر موضوع اخباری‌گری شد.بزرگ‌ترین تأثیر را در این بین محمدامین استرآبادی (متوفی ۱۰۳۳) داشت.
مکتب اخباری، با شتاب، در نجف و دیگر مراکز علمی عراق و ایران و بحرین نفوذ و بیش‌تر فقیهان را به خود جذب کرد. دانش اصولِ فقه و اصولیان از جنبش اخباری لطمات بسیار خوردند و حوزه علمیه نجف نیز از این آسیب‌ها مصون نماند.
اقدامات ملاعبدالله و بزرگان دیگر بستری را در نجف به وجود آورد تا با آمدن محمدمهدی بن مرتضی مشهور به بحرالعلوم(متوفی۱۲۱۲) از شاگردان وحید بهبهانی، حوزه نجف با پشت سر گذاشتن ناملایمات دوره اخباری‌گری، به دوره جدیدی گام نهاد.
این واقعیت را نیز نباید از نظر دور داشت که مجموعه انتقادهای دانشمندان اخباری و نیز میراث علمی آنان، به ویژه تلاش‌های آخرین فقیه نام‌بردار این جریان، شیخ یوسف بحرانی و کتاب مهم فقهی او، الحدائق الناضرة، در بالندگی و شکوفایی این دوره جدید، تأثیر درخور توجهی داشته است.
